アップルの説明
QuickTime Player 7.0 Help：ムービーのチャプタリストを作成する
実は、上記の説明ページを読んでも、サッパリ解りませんでした（笑）。
説明が文字だけな上、メニュー項目の表記なども超テキトーです。説明通りしようとしても頭が爆発しそうになります。しかも間違ってるみたいです（バグ？）。
で、下記サイトを参考にさせていただきました。ありがとうございます。
iTunes&iPodの動画にチヤプタを入れる方法 - 色即是空・空即是色 - Yahoo!ブログ
かな苫庵：iPod用の動画にチャプターを作成
以下にチャプターを付ける方法を一から説明します。
アップルの説明と比べながらではややこしくなるので、よけいなことは書かず一直線にいきます。QuickTime Pro（有料）前提です。
１、目的のムービーファイルをいくつに分割するか決め、テキストエディットでリッチテキスト（.rtf）でなく標準テキスト（.txt）で以下のようにチャプター名を記述し保存します。
例：プロローグ、OP、前半、後半、ED、次回予告の場合チャプターは６つとなります。
※最後に改行します。チャプター名に２バイト文字は使えません。文字化けします。
２、保存したテキストファイルをQuickTimeで開き、「ファイル」→「書き出す...」
書き出し：「テキストからテキスト」
オプション→テキスト書き出し設定の「テキスト、ディスクリプタ、時刻の表示」「ムービー」にチェック。
１秒を1/nに分割して表示：1/「100」に設定→OK→保存
※保存時に名称か保存場所を変更しないと上書きされます。
３、書き出されたファイルをテキストエディットで開きます。
最初の[00:00:00.00]は開始時間でChapter 1となります。
目的のムービーファイルを開き、Chapter 2の位置まで再生ポイントを移動、「ウインドウ」→「ムービーインスペクタを表示」、「現在の時間：」を二つ目の[00:00:02.00]に記入。
以下Chapter 6まで同様に。
最後の[00:00:12.00]に「再生時間：」（ムービーの総時間）を記入→保存。
※試した限りでは、Chapter 3以降、一コマ手前にズレました。Chapter 3からは一コマ後ろにズラした方がいいかも。もっとチャプター増やす・長時間のムービーだとどうなるのかとかは未確認。
４、保存したテキストファイルをQuickTimeで開き、「編集」→「全てを選択」→「コピー」。
目的のムービーファイルで「編集」→「全てを選択」→「ムービーに追加」。
「ウインドウ」→「ムービーのプロパティを表示」
「ビデオトラック」を選択→「その他の設定」→チャプタ：を「テキストトラック」に変更。
上部の「テキストトラック」のチェックを外す。
↑最終的にこのようになる。
５、ムービーファイルを閉じ、独立再生形式のムービーとして保存。完了。
おまけ。チャプターの扱いに関して。
iTunesでの再生ではキーボード及びApple Remoteでのチャプター操作は不能。
Front Rowでの再生ではどちらも可能。
iPod・iPhoneでもチャプター操作可能。
iTunesをなぜ不便にしてるのかは不明。
